南通市第三人民医院始建于1962年，前身为南通市传染病防治院。医院在全国率先提出并成功实践“以专科为重点、综合学科协调发展”的专科医院建设创新理论，逐渐发展成为一所集医、教、研于一体的具有显著专科特色的综合性医院。医院现为江苏省卫生厅命名的三级甲等医院，是南通大学附属南通第三医院、南京中医药大学南通中西医结合临床医学院、南通市老年病医院，全国综合医院中医药工作示范单位、国家级住院医师规范化培训基地，附设南通市肝病研究所。
医院占地面积51682平方米，建筑面积近7万平方米，实际开放床位1200张，现有职工1200余人，设有2个门诊部、43个临床医技科室、2个紧密型医联体（新城桥街道社区卫生服务中心、文峰街道社区卫生服务中心）、3个社区卫生服务站（所）。
医院医疗设备设施先进，拥有飞利浦3.0T磁共振、256层螺旋CT、医科达直线加速器、大型平板DSA、海博刀系统、3D高清腹腔镜、ECMO（人工肺）等医疗设备近千台（件）。医院就医环境舒适，是南通市“花园式单位”。
医院重视人才储备与培养，拥有享受国务院特殊津贴人员、江苏省有突出贡献中青年专家、江苏省“333高层次人才培养工程”培养对象等高层次人才40余名，硕士、博士200余名，高级专家近300人，硕士、博士生导师20余名。在省市级学术团体中担任主任委员、副主任委员、常委、委员等职120余人。
医院学科门类齐全，技术力量雄厚，拥有省级临床重点专科肝病科，省中医药局重点专科中西医结合肝病科。传染病学（肝病）为南通市临床医学中心，重症医学、普通外科学、消化病学等8个学科为市医学重点学科，急诊医学、实验诊断学为市临床医学创新团队。老年病科、骨科、肝胆外科、心血管内科等12个专科为市级临床重点专科，肾内科、心胸外科等5个专科为市级临床重点建设专科。
南通三院创建了全国首家政府命名的“无红包”医院并保持20余年如一日，2007年又在全国率先创建以“医德高尚、医术精湛、医患和谐、医境优美、医文醇厚”为目标的“白求恩式医院”并取得明显成效，成为全国职业道德建设的一面旗帜。
近年来，医院获得了“全国文明单位”“全国职工职业道德建设十佳单位”“全国先进基层党组织”“全国五一劳动奖状”“全国卫生系统先进集体”“全国医德建设先进集体”“全国卫生系统思想政治工作先进单位”等多项国家级荣誉。
医院位于市青年中路，毗邻5A级风景区濠河景观带，地理位置优越。目前，建筑面积6万余平方米的20层感染病医疗综合大楼即将开工建设，市轨道交通二号线出口与我院拟建感染病医疗综合大楼及现有的医疗综合大楼相连，交通十分便利。
