中国人民解放军联勤保障部队第九二六医院有着悠久的历史，1931年随红军教导2师成立，后改编为红军31军治疗所，1937年8月改编为八路军129师386旅卫生处医疗所。后几经整编转隶，于1954年10月定编于云南省红河州开远市。
2018年11月，医院由“中国人民解放军第五十九中心医院”正式更名为“中国人民解放军联勤保障部队第九二六医院”。
经过60余年的辛苦创业和奋斗，医院现已发展成为一所技术特色鲜明、人才队伍荟萃、医疗设备先进、诊疗环境优雅、医教研协同发展的现代化三级甲等综合性医院。2009年通过IS09001国际质量管理体系认证，2013年通过原总后勤部组织的三甲医院复审。作为部队医院，我院在抓好姓军为战、服务部队的基础上，积极承担地方交通事故应急救援、抢险救灾、突发公共卫生事件应急处置等任务，在兴边富民、健康扶贫等方面做出了积极贡献，先后圆满完成了小汤山抗击非典、四次赴黎巴嫩国际维和、汶川和鲁甸抗震救灾、赴利比里亚抗击埃博拉等重大任务，被国家、原总部、原军区和云南省政府表彰为“全国民族团结进步创建活动示范单位”“全军先进医院”“全面建设先进团级单位”“军区支援西部大开发先进单位”和“云南省民族团结进步模范集体”。
医院占地面积约12万平方米,绿化面积达80%，被誉为“花园式医院”。现设26个临床科室、8个辅助科室,展开床位1300余张，医疗设备总价值近3亿元。医院建立有覆盖医疗护理、政工后装、药品物资等各个层面的信息化网络，2013年被表彰为“全军首批数字化医院建设示范单位”。现有卫生专业技术人员1200余人，其中硕士、博士100余人，国家级和全军各专业委员会委员10余名、云南省各级专业委员会委员（常委）60余名。
近年来，医院积极顺应军改和医改大势，跟进政策、吃透精神，找准改革的突破点和融入点，深抓内涵建设，从规模数量型向质量效益型转变，始终紧盯医学发展前沿，注重统筹内外资源，坚持以提升质量为核心、以创新技术为路径、以科学管理为手段、以创建研究型医院为目标，不断加大人才培养和学科建设力度，现已初步形成了以创伤急救、烧伤救治、骨科、腹部外科、消化内科、五官科为重点，神经内科、心血管内科、妇科、颌面外科、麻醉科、肿瘤科为支撑的优势学科群，2014年骨科被评为“全军研究型学科建设示范单位”。医院现有原成都军区专科（病）中心5个（战创伤显微外科中心、腹部外科中心、脊柱外科微创治疗中心、消化内镜中心、白内障复明中心）、云南省临床重点专科培育项目2个（骨科、消化内科）、红河州质量控制中心2个（眼科、口腔颌面外科）、红河州特色专科2个（眼科、烧伤科）。
医院始终坚持“科教强院”发展战略，2000年被云南省教育厅授牌为“云南省高等医科院校临床教学基地”，现为昆明理工大学和成都医学院的非直属附属医院、陆军军医大学教学医院，是空军军医大学、大理大学、云南中医学院、昆明医科大学海源学院、红河卫生职业学院等医学院校的实习医院。临床教学涵盖临床、护理、口腔、医学影像、检验、病理、药学等主要专业技术门类，年接收实习生300余名。现有硕士研究生导师11人，兼职教授、副教授43人，兼职讲师60余人。医院先后被表彰为“云南省优秀教学基地”“成都医学院本科教学合格评估工作教学基地一等奖”“昆明医科大学合作办学先进单位二等奖”“昆明理工大学临床带教工作优秀单位”。
“十一五”以来，医院共获得军、地各级各类科研课题36项（今年获得国家自然科学基金2项），获军队和云南省科技进步（医疗成果）二等奖2项、三等奖34项，红河州科技进步奖43项，获得国家授权专利30余项，发表SCI论文6篇，在国家级期刊发表学术论文2000余篇，出版及参编专著10部。
