上饶市第二人民医院是一所集医疗、教学、科研为一体的以传染病专科为特色的综合性医院。医院现有传染病区住院部（急传科、肝病科）、综合病区住院部（内儿科、外妇科）、综合门诊部三个服务窗口和25个科室，开放病床300张，医院住院部位于信州区城南丰溪路66号，综合门诊位于水南街98号。
传染病区肝病科是全市重点学科，是全市各种肝病检测、诊断、治疗的权威机构，具有全市最先进的肝病诊疗设备和最强的肝病专家队伍，近年来医院引进的无创肝纤维超声仪，为肝病患者带来了福音，开展的非生物型人工肝及相关血液净化技术治疗暴发性肝衰竭、慢性重型肝炎、胆汁淤积性肝病、急性中毒的解毒等疗效显著，该项技术填补了我市该领域的空白。
急传科对肺结核和肺外结核的诊断和治疗积累了丰富的经验，尤其是对耐药结核、矽肺并结核的治疗有自己的独到之处。近年来医院开展的结核病基因芯片检查技术及结核分枝杆菌耐药检测项目，为临床对结核病的精准诊疗提供了有力的支持，能够快速准确的判断结核病情的轻重及药物敏感特性，为诊断治疗提供了精准帮助，该技术填补了我市结核病防治领域的空白。
艾滋病是一种危害性极大的传染病，由于机体免疫功能缺陷而容易导致各种机会性感染和机会性肿瘤，病死率较高，且具有极强的传染性，医院承担了全市AIDS患者抗病毒及各种机会性感染的诊治。同时上饶市第二人民医院也是上饶市唯一一家具有HIV病毒载量检查的医疗机构。
