南京市职业病防治院隶属于南京市卫生健康委员会，是目前南京市唯一一家集职业病预防、诊断、治疗于一体的非营利性职业病防治专科医院，也是我市医疗保险、工伤保险定点机构。医院始建于1972年，前身为南京市职业病防治所，2012年3月由南京市疾病预防控制中心金山医院、皮肤病性病专科医院、燕子矶康复医院三家机构合并组建而成。
医院坐落于风景秀丽的紫金山麓，占地面积7506.2平方米，开设床位120张，现有职工218人，其中高级职称40人，中级职称103人，初级职称53人。设有职业病科、皮肤科、内科、口腔科、病理科、中医科、医疗美容科（美容皮肤科）、精神科（药物依赖专业）、传染科（虫媒传染病专业）等多个科室，并建立艾滋病初筛实验室。
医院具有江苏省卫生健康委员会批准的职业病诊断资质以及职业健康检查资质，现有江苏省职业病诊断鉴定专家库专家16人，其中，A库专家4人，B库专家12人。具有江苏省职业病诊断医师资质34人，其中尘肺病诊断医师16人，职业中毒诊断医师24人，职业性放射性疾病诊断医师15人，职业性眼耳鼻喉、皮肤、口腔疾病诊断医师22人，职业卫生现场4人。能够全方位为南京地区接触职业病危害因素的劳动者提供职业病监测与职业健康风险评估、职业健康检查和职业病诊治、职业病防治宣传教育等工作。
近年来，医院先后被评为江苏省职业病诊断、职业健康检查先进单位，南京市双拥先进和禁毒先进单位，社区药物维持治疗门诊被国务院防治艾滋病工作委员会评为“全国滥用阿片类物质成瘾者社区药物维持治疗工作2007-2008年度优秀门诊”。全院医务人员始终贯彻“用情服务，用心防治”的服务宗旨，秉承“劳动者健康，我们的责任”的服务精神，树立“厚德致业重防实治”的服务理念，以精湛的医疗技术和诚信优质的态度为广大患者提供一流的医疗服务。
