医院1939年创建于延安，前身是八路军军医院。解放前，先后称为白求恩国际和平医院、西北人民解放军卫生部第二野战医院。解放后，改称为西北军区第一陆军医院、西北军区总医院、兰州军区总医院、兰州军区兰州总医院。2018年11月，根据中央军委命令，以原兰州军区兰州总医院为基础，调整组建联勤保障部队第九四〇医院，下设1个医疗区、1个卫勤训练中心、1个医疗保障中心、2个派驻门诊部、49个基层科室。以原解放军第二十五医院为基础，调整组建联勤保障部队第九四四医院，划归第九四〇医院领导管理。医院现有工作人员3000余名，其中医药技人员约1000余名，护理人员1000余名；硕士研究生学历200余名，博士研究生学历60余名，中级职称800余名，高级职称200余名，具有良好的医疗保障基础。医院各院区合计占地面积845.1亩，展开床位近2700张。建院以来，不管医院名称如何改变，医院始终坚守姓军为兵利民建院方向，敬业创新、救死扶伤，为保障体系部队官兵健康和人民群众安康做出了重要贡献，在西北地区久负盛名，深受军地患者信赖。
医院从战火硝烟中一路走来，先后两次挺进山西，四渡黄河天险，五次随军转移，参加榆林、宜瓦、扶眉、兰州等16次重大战役，医护人员以坚忍不拔的毅力战胜一切困难，不畏艰难困苦，不怕流血牺牲，赴汤蹈火，抢救、转运和治疗伤病员，在血雨腥风中饱受了战争的煎熬，付出了巨大的代价，尤其是在1947年10月27日第二次攻打榆林战役中，医院在太平沟、岔湾村二所手术室突遭敌机轰炸，院长徐根柱、主治军医刘永利、司药徐生芳、护士长杜欣、护士浦俊才不幸牺牲，谱写了医护人员可歌可泣的战地救治史诗，为解放大西北和新中国的诞生创立了丰功伟绩，做出了突出贡献。
新中国成立后，在社会主义建设和改革开放时期，医院实现从野战医院到和平年代总医院的转变，逐步发展成为一所集医疗、教学、科研为一体的综合性三级甲等医院，曾派出医疗队参加过抗美援朝、甘南平叛、对越自卫反击战等医疗救治任务。在建国初期各项条件十分艰苦的情况下，我院医务人员克服困难，勇于创新，50年代医院护理领军人物黎秀芳创造性地提出“三级护理”的分级护理制度，继而提出“三查七对”及“对抄勾对”等“查对制度”、“护理计划”、“保护性医疗制度”，在全军全国推广并沿用至今；1965年成功完成全军第一例臂断离再植手术，1977年成功完成全军第一例肾移植手术，1987年，为左手掌完全断离缺血54小时和左手食指完全离断缺血59小时的患者进行断肢（指）再植手术获得成功。
进入新时代，医院全面建设步入了快车道，医院现拥有一个全国重点建设学科、一个国家中医药重点学科、一个全军骨科研究所和6个全军专科（专病）中心及12个区域专科中心。同时，达芬奇机器人、射波刀、PET/CT、3.0T核磁、320排640层CT等大型高精尖设备落地医院。
医院先后圆满完成定西空难救援，抗击非典，刚果（金）维和，汶川、玉树抗震救灾，舟曲特大泥石流，甘肃漳县岷县抗震救灾等非军事战争行动，参加了“和平天使-2014”中巴联合卫勤作业、“神舟系列飞船”发射卫勤保障、高原使命课题演练等重大演训任务。被中共中央、国务院、中央军委表彰为“全国抗震救灾英雄集体”，野战医疗所被表彰为“战役后勤高原使命课题训练先进单位”。医院国家应急救援医疗队被中共中央、国务院、中央军委表彰为“全国抗震救灾英雄集体”，野战医疗所被表彰为“战役后勤高原使命课题训练先进单位”。先后涌现出“爱党为民模范护理专家”黎秀芳，“百年良医”、全军践行社会主义核心价值观争做新一代革命军人新闻人物葛宝丰，党的十九大代表、“全军爱军精武标兵”哈小琴、全国抗击新冠肺炎疫情先进个人拟表彰对象马凌、戴沛军、吴涛等一批全国先进典型。
医院大力加强专科建设，被确定为首批“全国护理科普教育基地”、神经内科被国家卫健委评定为“高级卒中中心”、消化内科被中华医学会确定为“中国食管胃静脉曲张诊治规范基地”、眼科获得“甘肃省行为与心理健康重点实验室视觉中心”、安宁医疗区特诊科被中华医学会表彰为“全国介入超声基层先进单位”；连续2年荣获军队科技二等奖、连续6年荣获甘肃省科技一等奖，发表论文连续6年进入全国前100名。医院连续3年开展群众性练兵比武活动，1人被联勤保障部队表彰为“优秀四会教练员”，1人获联勤保障部队护理备战练兵比武竞赛综合奖，3人被西宁联勤保障中心表彰为“优秀‘四会’教练员”；在今年7月份西宁联勤保障中心组织的卫勤专业群众性练兵比武竞赛活动中，取得集体排名第一的好成绩。医院被联勤保障部队表彰为新闻报道先进单位，1人被评为全国红色故事讲解员比赛专业组“金牌讲解员”，医院新闻宣传工作走在中心前列；医院2个单位荣立集体三等功、1个科室被西宁联勤保障中心表彰为“基层建设先进单位”，1个科室被西宁联勤保障中心表彰为“练兵备战先进单位”。
2020年2月2日，医院根据上级命令派出由120人（其中第九四四医院15人）组成的援鄂医疗队赴武汉火神山医院展开抗“疫”工作。医疗队在火神山医院开展工作以来，坚决贯彻党中央、中央军委和习主席关于疫情防控的一系列重要指示要求，全面落实联勤保障部队和西宁联勤保障中心党委首长的决策部署，在火神山医院临时党委的领导下，紧盯“提高收治率、治愈率，降低感染率、病亡率”目标，紧贴政治要求高、联合性质强、军地协同紧、救治任务重、工作难度大等实际，充分发扬勇挑重担、敢打硬仗的战斗作风，连续作战70天，累计收治患者380例，其中重症患者193例，危重型患者28例，出院366例，收治人数和治愈人数均居火神山医院第三，圆满顺利完成了救治任务。抗疫期间，先后有5名先进典型被中央媒体宣扬报道，在中央媒体刊稿40篇，中央电视台刊播69条，在各类新媒体客户端刊稿68篇，9名同志立功受奖，12名同志火线入党，3名同志提前晋升职级，推荐上报了1个三八红旗集体，2名三八红旗手，8名国家表彰对象，1名全国优秀团干部，罗淑平作为联勤保障部队唯一的代表，接受了习主席亲切接见，马凌、戴沛军、吴涛3名同志被评为全国抗击新冠肺炎疫情先进个人拟表彰对象；医院医疗队参与的火神山医院感染六科一病区、重症医学二科被表彰为“全国抗疫先进集体”，4名医疗队员被表彰为“全国抗疫先进个人”，擦亮了联勤保障部队名片，体现了九四〇人的血性担当，树立了九四〇人硬核形象。
